I farmaci antibiotici molto utili nella cura di numerose patologie, possono talvolta presentare effetti secondari gastrointestinali. 
I vari tipi di antibiotici utilizzati in caso di infezioni batteriche, sono in grado di intervenire sui diversi agenti patogeni che causano la malattia contrastandone l'azione negativa. Ma se da un lato esplicano la loro azione nei confronti dei batteri responsabili dell'infezione, dall'altro possono a volte agire anche nei confronti dei microrganismi buoni che regolano e mantengono l'equilibrio della microflora intestinale. Per questo motivo, durante e dopo una cura antibiotica, è opportuno tamponare gli effetti negativi sulla flora batterica buona. 

Ad esempio in contemporanea con gli antibiotici si possono assumere dei probiotici. Sempre durante la terapia, è bene seguire una dieta ricca di fibre, di vitamine e di antiossidanti, in particolare di vitamina C contenuta soprattutto in frutta e verdura. In fase di convalescenza, poi, via libera ai supplementi di vitamina B e ai probiotici.